Une fois ses études de médecine achevées en 1983, Markus Notter a commencé dès 1984, avec le début de sa formation en radio-oncologie, à se consacrer activement au développement et à l'organisation de l'hyperthermie superficielle, avant d'aller vers l'hyperthermie profonde à partir de 1987, à l'hôpital cantonal d'Argovie. Des publications et communications sur les premiers succès de l'association hyperthermie-radiothérapie, obtenus avec son médecin-chef et mécène, le Dr. Schwegler, datent de cette époque. Promu chef de service et médecin-chef adjoint en 1999, Markus Notter est resté travailler à l'hôpital cantonal d'Argovie jusqu'au début 2005, avant de reprendre la direction de la radio-oncologie de l'hôpital cantonal HNE La-Chaux-de-Fonds, où il a mis l'hyperthermie superficielle à base de micro-ondes sur de bons rails. En 2009, il a développé l'idée de l'hyperthermie superficielle par infrarouge pilotée par thermographie afin de relever le défi posé par les récidives de cancer du sein de grande ampleur. Depuis 2015, il fait partie de l'équipe de radio-oncologie de l'hôpital Lindenhof de Berne. Il était donc tout à fait naturel qu'il participe au développement de l'hyperthermie. Grâce aux résultats obtenus avec la radiothérapie hypofractionnée faiblement dosée, associée à l'hyperthermie par infrarouge avec filtre à eau (wIRA), le service s'est imposé comme une référence dans l'utilisation de cette méthode, notamment dans le cancer du sein local récidivant, inopérable et déjà fortement soumis à la radiothérapie, qui est devenu résistant aux médicaments tels que les antihormones, à la chimiothérapie et à l'immunothérapie.